À l’orgue, on lui connaît une intégrale de Buxtehude (1637-1707) et surtout celle, imposante, de Jean-Sébastien Bach, mais il entretient aussi un rapport étroit avec la musique contemporaine. Bernard Foccroulle, en musicien de son temps, a croisé Olivier Messiaen – trop brièvement, regrette-t-il – et le considère comme étant peut-être la plus grande figure
du XXe siècle.

De son œuvre, il estime particulièrement la Messe de la Pentecôte dont Messiaen confiait qu’elle résumait ses improvisations à l’orgue. Œuvre libre, bien que l’écriture en soit pourtant rigoureusement organisée, elle fut musique liturgique avant d’être musique de concert.
Le compositeur l’intégra à l’office de la Pentecôte en 1951, à l’Église de la Trinité à Paris où elle fut reprise ensuite chaque année en cette occasion solennelle.

Pascal Dusapin fut, lui aussi, organiste et son amitié avec Bernard Foccroulle est également ancienne. Pour la première fois, il pose son travail sur l’instrument roi. Nulle référence liturgique dans sa démarche mais un clin d’œil décalé à un organiste d’une autre sphère : Ray Manzarek, légendaire claviériste des Doors de Jim Morisson.